Voraussetzung für die Anerkennung als Welterbe ist der Schutz durch nationale und internationale Vereinbarungen und Gesetze. Die Natur genießt um den Neusiedler See bereits den größtmöglichen Schutz. Das Gebiet ist sowohl in Österreich als auch in Ungarn Nationalpark. Nicht immer wurde der Wert dieser Landschaft gesehen, die Bewohnerinnen und Bewohner der Gegend waren arm, sie wollten an der wirtschaftlichen Entwicklung teilhaben, insbesondere durch Intensivierung der Landwirtschaft. Große Flächen wurden trocken gelegt, die traditionelle Viehzucht durch Getreide- und Weinbau ersetzt. Vor etwa 100 Jahren gab es sogar Pläne, den Neusiedler See trocken zu legen und die Seefläche als Ackerland zu nutzen.
Es gab schon früh Initiativen, die sich für die Bewahrung des Naturerbes einsetzten. Der Schutz des Gebietes um die „Lange Lacke“ im Seewinkel war entscheidend für die Gründung des WWF Österreich. Die noch junge Organisation pachtete das Gebiet 1964 und rettete damit diesen einmaligen Lebensraum. 1971 sollte eine Autobahnbrücke quer über den See gebaut werden: Der Naturschutzbund sammelte mehr als 200.000 Unterschriften und verhinderte dieses Projekt. 1977 wurde das Gebiet zum UNESCO-Biosphärenpark und 1993 schließlich zum Nationalpark erklärt. Zum damaligen Zeitpunkt war dies der einzige von der IUCN (Weltnaturschutzorganisation) anerkannte Nationalpark in Österreich.